Установка JDK не сложная, но по лицензионным ограничениям, каждую компоненту нужную для установки придется выкачивать вручную.
Перед тем как приступать к установке JDK, нужно установить порт /usr/ports/java/javavmwrapper/, без него процесс установки прерывается с ошибками.

cd /usr/ports/java/javavmwrapper/
make install clean

Теперь, можно переходить к установке JDK 1.6, идем в директорию порта:

cd /usr/ports/java/jdk16
make install clean

Перед началом сборки получаем небольшой диалог настройки:

Приведенная настройка типична для сервера. Сохраняем настройки
и в ответ получаем:

IMPORTANT: To build the JDK 1.6.0 port, you should have at least
2.5Gb of free disk space in the build area!

Due to licensing restrictions, certain files must be fetched manually.

Please download the Update 3 Source from
http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jdk-6u3-fcs-src-b05-jrl-24_sep_2007.jar
and the Source Binaries from
http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jdk-6u3-fcs-bin-b05-jrl-24_sep_2007.jar
and the Mozilla Headers from
http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jdk-6u3-fcs-mozilla_headers-b05-unix-24_sep_2007.jar
.
Please open http://java.sun.com/javase/downloads/index.jsp
in a web browser and follow the «Download» link for
«JDK US DST Timezone Update Tool — 1_3_12» to obtain the
time zone update file, tzupdater-1_3_12-2009a.zip.

Please download the patchset, bsd-jdk16-patches-4.tar.bz2, from
http://www.eyesbeyond.com/freebsddom/java/jdk16.html.

Please place the downloaded file(s) in /usr/ports/distfiles
and restart the build.

Теперь нужно вытягивать последовательно перечисленные компоненты и размещать их в /usr/ports/distfiles/

cd /usr/ports/distfiles/
wget -c http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jd  k-6u3-fcs-src-b05-jrl-24_sep_2007.jar
wget -c http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jdk-6u3-fcs-bin-b05-jrl-24_sep_2007.jar
wget -c http://www.java.net/download/jdk6/6u3/promoted/b05/jdk-6u3-fcs-mozilla_headers-b05-unix-24_sep_2007.jar

Скачивать tzupdater-1_3_12-2009a.zip и bsd-jdk16-patches-4.tar.bz2 придется в ручную с рабочей станции и потом перемещать скачанные файлы на сервер. Кроме того, на java.sun.com, прийдется зарегистрироваться.
После того, как нужные файлы будут размещены в /usr/ports/distfiles/, нужно будет перезапустить сборку.
После распаковки всего содержимого, на экране появится содержимое лицензии Java, и после того как вы с ней согласитесь. Начнут собираться порты которые нужны для сборки самого JDK. Сборка идет автоматом, пока не доходит до /usr/ports/java/diablo-jdk16. Придется опять скачать diablo-caffe-freebsd6-i386-1.6.0_07-b02.tar.bz2 в ручном режиме из браузера на рабочей станции и опять переместить скачанный файл в /usr/ports/distfiles/.
Наконец то начнется сборка самого JDK. После этого, участия человека не требуется. Процедура в общем то длительная. Но, сейчас, она происходит достаточно легко. Без заметных сбоев.